阴茎根部长肉疙瘩可能是以下原因导致：
一、梅毒硬下疳：若患者平时有不洁性接触而感染梅毒，会出现局部溃疡。用手触摸质地较硬，呈表面凸起骨化样改变，进而出现阴茎根部长肉疙瘩现象。一般必要时需进行局部切除并做病理检查。具体来说，梅毒是由梅毒螺旋体引起的一种性传播疾病。当感染梅毒后，经过一定潜伏期，会在生殖器部位出现硬下疳表现，这是一期梅毒的典型症状。它通常是单个、无痛性的溃疡，边界清晰，基底较硬。随着病情发展，可能会出现全身症状以及二期、三期梅毒的各种表现。
二、毛囊炎：若患者平时不注重个人卫生，可导致局部瘙痒，抓挠后易引发毛囊发炎，从而表现为阴茎根部长肉疙瘩。一般可遵医嘱涂抹红霉素软膏或莫匹罗星软膏等药物进行治疗。详细来讲，毛囊炎主要是由于细菌等病原体感染毛囊引起的炎症反应。其诱发因素包括不注意卫生、搔抓、摩擦、多汗、局部密封包扎等。可在毛囊处出现以毛囊为中心的红色丘疹，有时可伴有疼痛、瘙痒等症状。
三、尖锐湿疣：尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒导致的性接触疾病，主要通过性接触传染。若患者患有尖锐湿疣，一般呈菜花样，且大小会逐渐变大，有时可变为多发，应积极进行治疗。进一步阐述，人乳头瘤病毒感染后可引起皮肤黏膜的鳞状上皮增生，形成疣状病变。尖锐湿疣好发于外生殖器及肛门周围等部位，开始多为单个或多个淡红色小丘疹，逐渐增大增多，可融合成乳头状、菜花状、鸡冠状等形态。
总之，当发现阴茎根部长肉疙瘩时，患者应注重个人卫生，并及时到医院就诊，让医生检查确诊后给予对症治疗。