新生儿脑炎后遗症多样。若是病毒性脑炎，后遗症有语言迟钝、瘫痪、吞咽困难、耳聋、癫痫等神经系统损害，还包括痴呆、记忆力与理解力减退、智力低下、表情淡漠、眼神呆滞、攻击性行为、易激惹、认知功能异常以及多汗、流涎等自主神经功能失调。细菌性脑膜炎后遗症更严重，如意识障碍、听力丧失、运动障碍、视力障碍、癫痫、脑积水等，较轻的有行为问题、学习困难、肌张力降低等。新生儿若有惊厥、尖叫、喂养困难、发热等表现，需及时就诊，以免延误治疗产生不良后果。
一、病毒性脑炎后遗症：
1.神经系统损害：
(1)语言迟钝，患儿的语言表达和理解能力可能出现障碍；
(2)瘫痪，可能导致身体某些部位无法正常活动；
(3)吞咽困难，进食会受到影响；
(4)耳聋，听力受到损害；
(5)癫痫，易发生抽搐等症状。
2.其他表现：
(1)痴呆、记忆力与理解力减退，智力方面出现问题；
(2)表情淡漠、眼神呆滞，情绪和神态异常；
(3)攻击性行为、易激惹，行为较为异常；
(4)认知功能异常，对事物的认知能力下降；
(5)多汗、流涎等自主神经功能失调。
二、细菌性脑膜炎后遗症：
1.严重后遗症：
(1)意识障碍，意识不清醒；
(2)听力丧失，完全听不到声音；
(3)运动障碍，肢体活动受限制；
(4)视力障碍，视力出现问题；
(5)癫痫，发作癫痫症状；
(6)脑积水，脑部有积水情况。
2.较轻后遗症：
(1)行为问题，行为表现不正常；
(2)学习困难，学习方面存在阻碍；
(3)肌张力降低，肌肉力量减弱。
总之，新生儿脑炎可能带来多种后遗症，当出现相关异常症状时必须尽快就医，早诊断早治疗，尽量减少不良后果。