男生排尿时尿道疼，主要由以下原因引起：
一、尿道损伤。可能由于尿道部位遭受摩擦或异物刺激，致使局部出现损伤，在排尿时因尿液刺激就会感觉到疼痛。这种情况通常无需特殊治疗，但要注重卫生以避免感染。
二、尿道炎。可能是淋球菌或非淋球菌感染所致，因尿道黏膜存在炎症反应，往往会有尿痛、尿急等表现。此时需遵医嘱使用抗生素药物进行治疗，比如盐酸左氧氟沙星胶囊、诺氟沙星胶囊等。
三、尿道结石。因为尿道内存在结石，对尿道黏膜产生刺激并引发黏膜破溃，从而在排尿时会有显著疼痛感。若是较小的结石，通常可自行排出，而对于无法自行排出的情况可采取内镜下碎石术来治疗。
除上述原因外，也有可能是如尿道息肉等其他因素导致。建议前往医院就诊，配合医生查明具体原因，以便进行有针对性的治疗。
总之，当男生出现排尿时尿道疼的情况，要及时就医检查，明确原因后采取合适的治疗措施。