微波治疗在多种疾病的治疗中都有应用，其效果因治疗的疾病不同而有所差异。例如在皮肤科疾病中，微波治疗某些皮肤良性肿瘤，一般能在较短时间内看到效果，通常1 - 2次治疗后可能会有明显改善。
微波治疗在骨科疾病中的效果
对于软组织损伤：微波治疗可以促进局部血液循环，加速软组织损伤的修复。一般来说，经过3 - 5次微波治疗后，患者的疼痛、肿胀等症状会有所减轻。比如一些运动导致的肌肉拉伤，通过微波治疗能改善局部的炎症反应，加快恢复进程。对于骨折延迟愈合：微波治疗能够刺激骨细胞的活性，有助于骨折部位的愈合。有研究表明，在骨折固定的基础上配合微波治疗，相比单纯固定，骨折愈合时间可以缩短约1 - 2周。
微波治疗在妇科疾病中的效果
对于宫颈糜烂：微波治疗宫颈糜烂是比较常用的方法。一般经过1 - 2次微波治疗后，宫颈糜烂面会逐渐修复。在治疗后的1 - 2个月内，复查时可看到糜烂面明显好转，大部分患者可以达到临床治愈的效果。对于盆腔炎：微波治疗盆腔炎可以改善盆腔的血液循环，消除炎症。通常需要进行10 - 15次左右的微波治疗，能有效缓解患者下腹部疼痛、腰骶部酸痛等症状，对于减轻盆腔炎症有较好的作用。
微波治疗在耳鼻喉科疾病中的效果
对于慢性鼻炎：微波治疗慢性鼻炎可以改善鼻腔的通气状况。一般经过2 - 3次微波治疗后，患者鼻塞、流涕等症状会有所减轻。例如一些过敏性鼻炎患者，在配合微波治疗后，鼻腔的过敏反应相关症状能得到一定程度的缓解。对于咽喉部良性肿瘤：微波治疗咽喉部良性肿瘤，如声带小结等，效果较为显著。通常1次微波治疗后，患者的声音嘶哑等症状会有改善，经过2 - 3次治疗后，病情可以得到较好的控制，甚至治愈。