圆锥角膜的病因目前尚未完全明确，但有一些相关因素被广泛研究。一般认为，遗传因素是重要原因之一，据统计，约50%的圆锥角膜患者有家族遗传倾向，存在特定的基因变异可能增加患病风险。
遗传因素相关
家族遗传倾向： 如前面所说，约半数圆锥角膜患者有家族史，若家族中有圆锥角膜患者，其他家庭成员患病几率相对较高。这是因为遗传基因可能影响角膜的发育和结构，使得角膜更容易出现圆锥样改变。基因相关： 目前发现一些基因的突变与圆锥角膜的发生有关，例如TGFBI基因等的突变，会干扰角膜基质中胶原蛋白的正常合成和排列，从而导致角膜逐渐变薄、前突，形成圆锥角膜。
眼部发育因素
角膜发育异常： 在胚胎发育过程中，如果角膜的基质层发育出现问题，比如基质层胶原纤维排列紊乱等，就可能为圆锥角膜的发生埋下隐患。胎儿在子宫内的发育环境等因素可能影响角膜基质的正常形成。青春期相关： 圆锥角膜多发生在青春期，这一时期身体处于生长发育的快速阶段，身体的激素水平等发生变化，可能会影响角膜的代谢和结构稳定性。有研究发现，青春期前后角膜的生物力学等特性可能发生改变，使得角膜更容易向圆锥状发展。
环境及其他因素
长期揉眼等不良习惯： 长期频繁揉眼可能会对角膜造成机械性的影响，虽然不是直接导致圆锥角膜的唯一原因，但可能是一个诱发因素。频繁揉眼会增加角膜受到外力作用的几率，对于本身角膜发育有潜在问题的人来说，可能加速圆锥角膜的发展进程。某些全身性疾病： 虽然相对少见，但一些全身性疾病也可能与圆锥角膜的发生有关。例如，胶原纤维相关的疾病可能会影响角膜的胶原结构，从而增加圆锥角膜的发病风险。不过这类情况在圆锥角膜病因中所占比例较小。