指甲凹凸不平可能由多种原因引起。一般来说，约50%的指甲凹凸不平与甲癣（灰指甲）有关，这是由真菌感染导致的。
一、甲癣导致的指甲凹凸不平
甲癣的成因： 甲癣主要是皮肤癣菌等真菌侵犯甲板或甲下组织引起的。比如红色毛癣菌、须癣毛癣菌等常见真菌都可能引发甲癣，从而造成指甲凹凸不平。真菌在指甲部位生长繁殖，会破坏指甲的正常结构，使得指甲表面出现凹凸不平的情况。相关特点： 甲癣往往还会伴有指甲变色，比如变黄、变黑等，指甲质地也会变得脆弱、容易破损。而且具有一定传染性，如果不及时治疗，可能会传染到其他指甲或者传染给他人。
二、营养不良引起的指甲凹凸不平
营养缺乏种类： 缺乏维生素A、维生素B族、钙、铁等营养物质都可能导致指甲凹凸不平。例如，长期挑食、偏食的人，很容易出现营养不均衡的情况，进而影响指甲的生长状态。维生素A对维持皮肤和黏膜的健康很重要，缺乏时指甲可能会失去光泽、凹凸不平；钙是指甲重要的构成成分之一，缺钙会影响指甲的硬度和光滑度；铁元素参与血红蛋白的合成，缺铁会影响指甲的血液供应，从而导致指甲凹凸不平。具体表现： 除了指甲凹凸不平外，还可能伴有其他表现，比如缺乏维生素B族时可能会出现口角炎、舌炎等，缺钙可能会有腿抽筋等表现，缺铁可能会有面色苍白、乏力等表现。
三、外伤导致的指甲凹凸不平
外伤情况： 指甲受到挤压、碰撞等外伤时，也可能出现凹凸不平。比如手指被重物砸到，或者长时间穿不合适的鞋子挤压到脚趾甲，都可能损伤指甲的甲床或甲板，影响指甲的正常生长，导致指甲表面不再平整。恢复情况： 轻度的外伤引起的指甲凹凸不平，如果甲床没有严重受损，随着指甲的生长，新长出的指甲可能会逐渐恢复正常。但如果外伤比较严重，可能需要较长时间来恢复，而且恢复后的指甲可能仍会有一定程度的不平整。
四、某些系统性疾病引起的指甲凹凸不平
常见疾病举例： 一些系统性疾病也可能导致指甲凹凸不平，比如银屑病、扁平苔藓等皮肤疾病，还有糖尿病等代谢性疾病。银屑病患者的指甲可能会出现凹陷、增厚、变色等改变，这是因为银屑病累及到了指甲部位的皮肤和甲床；糖尿病患者由于血糖控制不佳，可能会影响血液循环和神经功能，进而影响指甲的生长，导致指甲凹凸不平。疾病关联表现： 除了指甲的异常外，这些系统性疾病往往还有各自的典型表现。例如银屑病会有皮肤红斑、鳞屑等表现；糖尿病会有多饮、多食、多尿、体重减轻等表现。如果指甲凹凸不平同时伴有这些疾病相关的其他症状，就需要考虑是系统性疾病引起的。