胃肠功能紊乱的表现多样，常见的有消化系统方面的症状，比如约50%的患者会出现腹痛，疼痛程度不一，位置也不固定，可能在脐周等部位，一般在排气或排便后有所缓解。
消化系统症状表现
腹胀： 患者常常感觉腹部胀满，尤其是进食后更为明显，有时会持续数小时甚至一整天。比如有些人吃了一顿普通的饭菜后，就会明显觉得肚子鼓鼓的，很久都不消退。恶心呕吐： 部分患者会出现恶心的感觉，严重时可能会呕吐，呕吐物多为胃内的容物，一般没有胆汁等其他物质。有的患者可能一天会恶心几次，偶尔会发生呕吐。
肠道功能紊乱表现
腹泻与便秘交替： 有的患者会出现腹泻情况，每天排便次数可能达到3 - 5次甚至更多，大便不成形；而有的时候又会出现便秘，几天才排便一次，排便困难。比如有的患者这周每天拉好几回稀便，下周却好几天才解一次大便。大便性状改变： 除了腹泻和便秘，大便的外观也会有变化，可能会出现黏液便，大便中带有少量黏液；或者大便表面有凹槽等情况。
全身伴随症状
精神心理症状： 很多胃肠功能紊乱的患者会伴有精神心理方面的问题，比如约40% - 50%的患者会出现焦虑、抑郁的情绪，还可能有失眠、多梦等睡眠障碍。有的患者会整天忧心忡忡，晚上难以入睡，睡眠质量很差。乏力： 患者可能会感觉全身没有力气，活动耐力下降，稍微活动一下就会觉得疲惫不堪。比如原本能爬几层楼梯，现在爬一层就觉得很累，没什么力气。