怀孕初期发生流产最常见的原因是胚胎因素，即染色体异常，其占比可达初期流产的二分之一甚至三分之二以上。此外，怀孕初期流产还可能由母体因素、父系因素、环境因素等导致。
一、胚胎因素：绝大多数是由染色体异常引起。染色体异常涵盖了染色体数目异常与结构异常，像13-三体综合征、16-三体综合征、21-三体综合征、18-三体综合征等，或是涉及平衡异位、倒置、缺失、重叠以及嵌合体等情况。
二、母体因素：
1.母亲自身患有全身性疾病，比如孕妇存在严重高血压、糖尿病、肾病；或是患有某些非常严重的风湿免疫科疾病，如系统性红斑狼疮等。
2.母体的生殖器存在异常，如子宫畸形、子宫肌瘤、子宫腺肌病、宫腔粘连等。
3.涉及内分泌异常，比较常见的是黄体功能不足，无法分泌足够孕酮，从而不能维持妊娠而导致流产。
三、父系因素：没有提供健康的精子，在精子异常的情况下，容易造成受精卵以及后续胚胎发育异常，最终引发流产。
四、环境因素：无意接触过多放射线、有毒物质，或者在怀孕时使用毒性较大的药物等，均有可能导致初期流产。此外，如果出现极为严重的焦虑、抑郁、恐惧情绪；或是有吸烟、酗酒行为，摄入咖啡因等物质；或是过度劳累、过早进行同房等，这些也都有可能引起初期流产。
总之，怀孕初期流产的原因是多方面的，需要综合考虑各种因素，以便更好地预防和处理流产问题。