月经干净后三天总有褐色分泌物，可能由多种原因引起。一般来说，这种情况可能与排卵期出血有关，部分女性在排卵期（月经周期的中间阶段）会有少量出血，持续1~3天左右，可能表现为褐色分泌物。另外，妇科炎症也可能导致，比如宫颈炎，宫颈受到炎症刺激，也可能出现少量出血，进而表现为褐色分泌物。还有可能是内分泌失调引起，比如黄体功能不全，会影响激素水平，导致子宫内膜不规则脱落，出现月经干净后又有褐色分泌物的情况。
排卵期出血情况
排卵期时间： 对于月经周期规律的女性，排卵期通常在下次月经前14天左右，一般出血时间较短，多在1~3天，量较少，有的女性可能仅表现为褐色分泌物。应对方法： 如果是偶尔出现的排卵期出血，且出血量少、时间短，一般不需要特殊处理，注意保持外阴清洁即可。
妇科炎症因素
宫颈炎表现： 除了褐色分泌物外，宫颈炎患者还可能伴有白带增多、白带异味等症状。检查与处理： 如果怀疑是宫颈炎导致，需要进行妇科检查，医生可能会取白带进行化验等。如果确诊宫颈炎，轻度的可以通过局部用药治疗，比如使用保妇康栓等；中重度的可能需要物理治疗等，但具体治疗要遵医嘱。子宫内膜炎影响： 子宫内膜炎也可能引起这种情况，同时还可能伴有下腹部疼痛、发热等症状。检查与处理： 诊断子宫内膜炎需要做B超等检查，确诊后一般需要使用抗生素进行治疗，用药要遵循足疗程的原则。
内分泌失调方面
黄体功能不全表现： 除了月经干净后有褐色分泌物外，可能还会出现月经周期缩短等情况。调节与治疗： 如果是黄体功能不全导致，需要调节内分泌，一般可以通过补充孕激素来改善，比如补充黄体酮等，但具体用药要在医生指导下进行。女性要注意保持良好的生活习惯，避免熬夜等，因为长期熬夜等不良生活方式可能会加重内分泌失调的情况。总之，月经干净后三天有褐色分泌物需要引起重视，如果经常出现这种情况或者伴有其他不适症状，如腹痛、白带异常等，应及时就医，进行相关检查，明确原因后采取相应的治疗措施。