舌头根部有两个小疙瘩，可能是以下原因引起：
1.轮廓乳头：在舌头根部，呈人字形排列的7-9个小突起，属于正常的生理结构，能感受味觉。
2.舌根淋巴组织：咽部的重要免疫器官，内有大量淋巴细胞和免疫细胞，当受到外界刺激或感染时，可能会导致舌根淋巴组织增生，出现疙瘩样改变。
3.舌根扁桃体：位于舌根部，呈颗粒状，若出现炎症，可导致舌根扁桃体肿大，出现疙瘩样改变。
4.其他：如舌根部长肿瘤等，也可出现疙瘩样改变。
此外，舌头根部有疙瘩样改变，还可能与其他因素有关，如消化不良、维生素缺乏、内分泌紊乱等。如果疙瘩样改变持续不消失或伴有其他症状，如疼痛、吞咽困难、呼吸困难等，建议及时就医，明确诊断。