早上起来嘴巴臭可能由多种原因引起，包括口腔本身的疾病、与口腔相连的呼吸道和消化道的疾病，以及全身系统疾病在口腔的反应等。
一、口腔本身病变：
1.龋坏：牙齿龋坏后会形成龋洞，食物残渣等容易在其中积聚、腐败，从而产生异味导致早上起来嘴巴臭。
2.牙髓炎：牙髓发生炎症时，可能会有炎性渗出物，也会引发口臭且较为明显。
3.牙龈炎、牙周炎：牙龈和牙周组织的炎症会导致牙龈出血、化脓等情况，这会造成口腔异味，出现早上起来嘴巴臭的现象。
二、呼吸系统病变：
口腔通过咽部与气管和食管相通，一些慢性呼吸系统疾病患者，比如：
1.慢性支气管炎：患者可能会因为呼吸道分泌物异常而导致口臭，在早上表现得较为突出。
2.支气管扩张：这类患者的呼吸道分泌物较多且不易排出，容易引起早上起来嘴巴臭。
三、消化系统病变：
由于消化道与口腔相通，若存在以下情况：
1.慢性胃炎：炎症可能影响消化系统功能，从而导致口臭，尤其是合并幽门螺杆菌感染时，早上起来嘴巴臭可能更为明显。
2.消化不良：食物不能正常消化和排泄，在体内发酵产生异味气体，经口腔排出而出现早上起来嘴巴臭。
四、全身系统性病变：
部分系统性疾病在口腔局部会有体现，比如一些累及到腺体的系统性疾病，可能引发早上起来嘴巴臭。
总之，早上起来嘴巴臭的原因较为复杂，可能涉及口腔、呼吸、消化等多个系统，需要仔细分析和排查才能明确具体原因，进而采取针对性的措施进行改善和治疗。