血清肌酸激酶测定主要用于辅助诊断多种疾病。一般来说，它能帮助医生判断是否存在肌肉疾病、心脏疾病等情况。
用于辅助诊断肌肉疾病
肌肉损伤相关：当出现肌肉损伤时，血清肌酸激酶会升高。比如剧烈运动后，可能会导致肌肉轻微损伤，血清肌酸激酶可在运动后2 - 12小时开始升高，24小时左右达到高峰。像进行了高强度力量训练的人，就可能出现这种情况。进行性肌营养不良：这是一种遗传性肌肉变性疾病，患者血清肌酸激酶会显著升高，而且随着病情发展，其水平变化有一定规律，可作为该病诊断和病情监测的指标之一。
用于辅助诊断心脏疾病
急性心肌梗死：在急性心肌梗死发生后3 - 6小时，血清肌酸激酶就会开始升高，10 - 36小时达到高峰，3 - 4天恢复正常。它是早期诊断急性心肌梗死的一个重要指标。病毒性心肌炎：患者血清肌酸激酶也会升高，不过其升高程度一般没有急性心肌梗死那么明显，同时还可能伴有其他心肌酶谱的变化，结合临床症状等可以辅助诊断病毒性心肌炎。
其他可能的应用情况
脑血管意外：当发生脑血管意外时，如脑出血等，血清肌酸激酶也可能会升高，这可能与脑组织损伤影响相关代谢有关。甲状腺功能减退：部分甲状腺功能减退患者血清肌酸激酶水平会升高，这是因为甲状腺激素缺乏影响了肌肉的代谢功能等。