乌梅丸主要用于治疗蛔厥，久痢，厥阴头痛，症见腹痛下痢、巅顶头痛、时发时止、躁烦呕吐、手足厥冷等。现代临床常用于治疗肠道蛔虫病、慢性非特异性溃疡性结肠炎、慢性肝炎、糖尿病等属寒热错杂、正气虚弱者。
用于治疗肠道寄生虫病相关病症
蛔厥证表现： 当人体感染蛔虫后，可能出现腹痛剧烈，疼痛如钻顶样，伴有呕吐，手足厥冷等类似蛔厥的症状，乌梅丸可起到安蛔止痛的作用。一般来说，对于因蛔虫引起的这类急性腹痛等症状有一定的缓解效果，但需在医生辨证后合理应用。久痢情况： 对于一些慢性痢疾，中医认为存在寒热错杂、正气虚弱的情况时，乌梅丸也有一定疗效。它能调理肠道的寒热平衡，扶助正气来改善久痢的症状。
在消化系统疾病中的应用
改善厥阴头痛： 对于由厥阴经病变引起的头痛，表现为巅顶部位疼痛等，乌梅丸可以从调节机体的寒热等病理状态入手，来缓解头痛症状。这是因为其药物组成及配伍能针对厥阴经相关的病机。调节胃肠功能： 乌梅丸中的药物成分可以对胃肠功能起到调节作用，对于胃肠功能紊乱，存在寒热错杂情况的患者，能帮助恢复胃肠正常的运化等功能。比如可以改善胃肠的消化吸收功能，缓解因胃肠功能失调引起的腹胀、纳差等问题。
对其他疾病的辅助作用
在慢性肝炎中的应用： 对于部分慢性肝炎患者，中医辨证属寒热错杂、正气虚弱的情况，乌梅丸可以通过调整机体的气血阴阳等状态，辅助改善病情。它能在一定程度上调节机体的免疫等功能，配合其他治疗对慢性肝炎起到辅助治疗的效果。在糖尿病中的应用： 有研究发现，乌梅丸对部分糖尿病患者有一定辅助作用，可能是通过调节机体的代谢等功能，在改善患者的一些症状等方面有一定表现，但具体机制还需进一步深入研究，且必须在医生的综合治疗方案下应用。需要注意的是，乌梅丸的使用必须在中医辨证论治的基础上进行，不同患者的病情不同，用药也会有差异，而且孕妇等特殊人群使用时需格外谨慎，应在医生指导下决定是否使用。