小腿肌肉疼的原因有多种。比如运动相关的原因，若突然进行大量运动，像长跑、爬山等，可能在1 - 2天内出现小腿肌肉疼，这是因为运动时肌肉产生乳酸堆积所致。
运动相关原因
过度运动导致：如果长时间没有运动，突然进行高强度运动，比如连续快走超过1小时，小腿肌肉就容易疲劳，进而引发疼痛。一般这种情况休息1 - 2天会有所缓解，但如果疼痛持续不减轻，就要考虑其他问题。运动姿势不当：跑步时脚步落地方式不对，或者跳绳时姿势不正确，会使小腿肌肉受力不均，也容易造成肌肉疼痛。比如跑步时总是用脚跟先着地，就可能增加小腿肌肉的负担，引发疼痛。
疾病因素
腰椎间盘突出症：当腰椎间盘突出压迫到支配小腿的神经时，就可能导致小腿肌肉疼。这种疼痛往往还会伴有下肢麻木等症状。一般通过腰椎CT等检查可以确诊。下肢血管病变：像下肢静脉曲张，患者小腿会有酸胀、疼痛的感觉，尤其在长时间站立后症状更明显。而下肢动脉粥样硬化闭塞症，会导致小腿肌肉在行走一段距离后出现疼痛，休息后可缓解，继续行走又会复发，医学上称为间歇性跛行。
其他因素
寒冷刺激：长时间处于寒冷环境中，小腿肌肉受到寒冷刺激后，血管收缩，血液循环不畅，也会引起疼痛。比如冬天穿得过少在户外停留时间较长，就可能出现这种情况。营养不良：如果身体缺乏钙、维生素D等营养物质，也可能导致小腿肌肉疼。尤其是青少年生长期，对钙的需求量大，若摄入不足，就容易出现小腿肌肉抽筋、疼痛等情况。