指甲上出现小坑的原因多样，相应的治疗方法也需依据病因来确定。具体如下：
一、可能是身体缺乏维生素A、蛋白质和钙导致的。对此，日常可多进食富含维生素A的食物，如胡萝卜、各种鱼类、牛奶、蛋黄、动物肝脏、水果等。因为维生素A对于皮肤和黏膜的健康非常重要，缺乏时可能影响指甲的正常生长；蛋白质是身体的重要组成部分，能为指甲生长提供必要的营养；钙对指甲的硬度和强度有影响。
二、也有可能是灰指甲。其表现为指甲表面凹凸不平、有小坑且变空等。此时可使用伊曲康唑软膏、氟康唑软膏等药物进行治疗。灰指甲是由真菌感染引起，这些药物能起到抗真菌的作用，从而改善指甲状况。
三、还有可能是因长期浸泡在冷水中引起。长期浸泡在冷水中或从事需要经常浸泡在冷水中的工作，可能导致指甲生长异常而出现小凹陷。只要改善工作环境，情况通常能得到缓解和改善。因为冷水可能对指甲及其周围组织造成刺激和损伤。
四、有一些人指甲有小坑是肠胃问题导致的。肠胃不好会影响指甲生长，可能出现指甲小坑的表现。此时可以自我检查近期是否有腹泻、肠胃不适等症状。肠胃功能不佳可能会影响营养物质的吸收和利用，进而波及指甲。
总之，指甲上有小坑时要根据具体情况分析原因，并采取相应的解决措施。