怀孕12周肚子隐隐作痛可能由多种原因引起。一般来说，可能是子宫增大引起的生理变化，也可能是一些异常情况导致。
生理原因导致的隐隐作痛
子宫增大牵拉周围组织：
怀孕12周时，子宫逐渐增大，可能会牵拉周围的韧带和组织，从而引起肚子隐隐作痛。这种疼痛通常比较轻微，位置多在下腹部，一般不伴有其他明显异常表现。
激素变化影响：
孕期体内激素水平发生变化，可能会对盆腔内的组织产生一定影响，也可能导致肚子有轻微的隐隐不适感。这种情况通常是孕期的正常生理反应，随着孕周增加可能会有所缓解。
异常情况导致的隐隐作痛
先兆流产：
如果肚子隐隐作痛同时伴有阴道少量流血，就要警惕先兆流产的可能。先兆流产可能是由于胚胎发育异常、孕妇过度劳累、内分泌异常等多种原因引起。此时需要及时就医进行相关检查，如超声检查看胚胎情况等。
宫外孕：
虽然宫外孕在怀孕12周相对少见，但也不能完全排除。宫外孕是指受精卵着床在子宫以外的部位，如输卵管等，当胚胎生长可能会引起肚子隐隐作痛，还可能伴有阴道流血等症状。一旦怀疑宫外孕需尽快就医，因为宫外孕破裂可能会导致严重的腹腔内出血等危急情况。
肠道问题：
孕妇在孕期胃肠功能可能会发生变化，如果饮食不当，比如吃了不洁食物或者不易消化的食物，可能会引起肠道痉挛，导致肚子隐隐作痛，可能还会伴有腹泻、恶心等肠道不适症状。
泌尿系统问题：
孕期子宫增大可能会压迫泌尿系统，导致泌尿系统感染等问题，也可能引起肚子隐隐作痛，同时可能伴有尿频、尿急、尿痛等症状。如果出现这些情况也需要及时就医检查处理。