马拉色菌毛囊炎主要通过抗真菌药物治疗。一般来说，使用抗真菌药物规范治疗，多数患者可在数周内改善症状。
外用抗真菌药物选择
酮康唑洗剂： 可以清洗皮肤，抑制马拉色菌生长。使用时取适量洗剂涂抹在患处，轻轻揉搓几分钟后冲洗干净，每周可使用2 - 3次。联苯苄唑乳膏： 属于外用抗真菌药膏，直接涂抹在皮损处，每天1次，连续使用几周，能有效抑制马拉色菌。
口服抗真菌药物情况
伊曲康唑： 是常用的口服抗真菌药，对马拉色菌有较好的抑制作用。但肝功能异常者需要谨慎使用，用药前需检查肝功能，一般需要按照疗程服用。氟康唑： 也可用于治疗马拉色菌毛囊炎，同样要注意肝功能情况，口服后经胃肠道吸收，分布到全身组织和体液中发挥抗真菌作用。
日常护理注意事项
保持皮肤清洁干燥： 马拉色菌喜欢在潮湿的环境中生长，所以要经常洗澡，尤其是运动出汗后及时清洁皮肤，洗完澡后要擦干身体，特别是容易长毛囊炎的部位，如胸背部等。建议每天用温和的沐浴产品清洁皮肤。衣物选择： 穿着透气性好的棉质衣物，避免穿化纤等不透气的衣物，防止皮肤长时间处于闷热不透气的环境，减少马拉色菌滋生的机会。例如，夏天尽量选择棉质的短袖、短裤等。避免搔抓： 搔抓皮肤可能会导致皮肤破损，从而使马拉色菌更容易侵入，加重感染。所以要尽量克制自己，不要用手去抓挠患处。