HPV高危16阳性目前并没有特定的药物可以直接杀灭HPV病毒。但可以针对相关病变进行处理。一般来说，对于HPV高危16阳性的处理，需要综合多方面情况。
病毒清除相关情况
目前没有特效药物能直接清除HPV高危16型病毒。人体自身的免疫系统是清除HPV病毒的关键，约80%的女性感染HPV后可在8 - 12个月内依靠自身免疫力清除病毒。
相关病变的药物干预
宫颈炎症的药物
如果合并有宫颈炎症，可能会用到一些抗炎药物。比如抗宫炎片等，它可以在一定程度上缓解宫颈炎症带来的不适症状，但这并不是针对HPV高危16型的治疗，而是针对炎症的对症处理。不过使用抗宫炎片时，孕妇禁用，且服药期间忌辛辣、油腻食物。
阴道局部用药
对于阴道局部环境的改善，可能会用到一些阴道益生菌制剂，像乳杆菌活菌胶囊等。通过调节阴道内的菌群平衡，有助于维持阴道的正常微生态，间接帮助身体更好地应对HPV感染，但同样不能直接清除HPV病毒。使用乳杆菌活菌胶囊时，要注意保存于2 - 8℃冷藏，用药期间应避免使用抗生素类药物。
定期监测相关
一旦发现HPV高危16阳性，需要定期进行宫颈TCT（液基薄层细胞学检测）检查，一般建议每6 - 12个月进行一次。如果TCT检查结果异常，可能需要进一步做阴道镜及活检等检查，根据检查结果来决定后续是继续观察还是进行相应的治疗，而不是单纯依靠药物来处理HPV高危16阳性这个情况。