胆囊腺肌增生症的病因目前尚未完全明确，可能与多种因素有关。目前认为其发病机制可能涉及胆囊黏膜增生、肌层肥厚以及罗-阿窦（Rokitansky-Aschoff sinuses）增多等。
一、遗传因素相关情况
有研究发现，部分胆囊腺肌增生症患者可能存在一定的遗传易感性。虽然具体的遗传模式还不十分清晰，但某些基因的突变或遗传多态性可能与该病的发生有一定关联。不过，目前关于特定的致病基因位点等细节还在进一步研究中，尚未有明确的单一遗传基因被完全确定为主要病因。
二、胆囊动力异常方面
胆囊的正常动力对于胆汁的储存和排泄至关重要。当胆囊动力出现异常时，比如胆囊收缩功能减退等情况，可能会导致胆汁在胆囊内的排空受阻，胆汁在胆囊内长时间潴留，进而引起胆囊黏膜的代偿性增生，逐步发展为胆囊腺肌增生症。例如，有研究观察到部分患者胆囊的排空时间较正常人延长，这可能是胆囊动力异常参与发病的一个表现。
三、慢性炎症刺激影响
长期的胆囊慢性炎症刺激也是可能的病因之一。比如胆道系统的慢性感染，像细菌、病毒等病原体的反复感染，或者是一些自身免疫性炎症反应累及胆囊，都可能持续刺激胆囊黏膜和肌层，促使胆囊腺肌增生症的发生。有临床资料显示，一些患有慢性胆囊炎的患者后续发展为胆囊腺肌增生症的风险相对较高，这提示慢性炎症刺激在其中起到了一定作用。