怀孕初期吃药可能影响胚胎发育，危害集中在是否影响胎儿发育方面，具体如下：
一、怀孕初期吃药不当的危害：
1.可能引发胎儿畸形或损害，尤其在怀孕前12周内。此时不当用药会导致基因突变、染色体异常，使胎儿蛋白质合成障碍，影响细胞有丝分裂，造成器官发育畸形。
(1)基因突变：药物可能干扰基因的正常结构和功能，引起基因的突变。
(2)染色体异常：影响染色体的完整性和稳定性。
2.影响胎儿的正常生长发育。
二、怀孕初期应禁用的药物：
1.抗肿瘤药物，如白消安、环磷酰胺、甲氨蝶呤、苯丁酸氮芥等。
2.激素类药物，如可的松、泼尼松龙、睾酮、己烯雌酚、甲羟孕酮等。
3.抗癫痫药物，如苯妥英钠、卡马西平、三甲双酮等。
4.政经类药物，如氯氮卓、氟哌啶醇、沙利度胺等。
5.抗生素药物，如伏立康唑、四环素等。
总之，怀孕初期是胎儿易受影响的关键阶段，必须严格遵医嘱用药，如需用药一定要在医生指导下进行，以免对胎儿造成损害。