精子畸形率高意味着存在精液异常，正常精子数量减少，这会致使怀孕几率降低，即便怀孕也极易流产。依据世界卫生组织第五版标准，精子形态正常参考值设定为大于等于4%，即畸形率参考值要小于96%。若畸形精子百分率高于96%，就被称作高畸形率精子。引发畸形精子症的原因包括：一、泌尿生殖道感染、腮腺炎并发的睾丸炎、附睾结核、精索静脉曲张等，这些都可能导致畸形精子增多，典型的如双头精子，会影响精子质量；1.泌尿生殖道感染会使精子生存环境恶化，影响其正常形态和功能；2.睾丸炎等疾病会直接损害睾丸的生精功能，导致畸形精子产生。二、使用激素或某些化学药物，会使精子发育不成熟；(1)激素可能干扰精子的正常发育过程；(2)一些化学药物可能具有生殖毒性，导致精子畸形。三、生殖腺受到放射线照射，会引起精子的突变；四、阴囊局部长期高热、长期酗酒（尤其是高浓度的烈性酒），都会使精子发生畸变。所以需要明确导致这种状况的具体原因，然后再展开针对性治疗。
总之，精子畸形率高会带来诸多不利影响，而明确其背后的原因对于有效治疗至关重要。