新生儿脸上长小水疱的原因可能包括蚊虫叮咬、过敏、水痘等。具体状况应及时前往医院儿科或皮肤科检查，依据检查结果遵医嘱进行针对性治疗，切勿擅自用药。
一、蚊虫叮咬：若新生儿所处环境有蚊虫，其脸上的小水疱可能是蚊虫叮咬后的局部反应，通常可自行消退。不过可能会伴有瘙痒等不适，导致新生儿易哭闹、抓挠，必要时可对症用药缓解，如遵医嘱使用复方醋酸地塞米松乳膏。
二、过敏：部分新生儿接触花粉、螨虫等易致敏物质后可能引发过敏反应，出现湿疹，表现为脸上长小水疱，还可能伴有流鼻涕、皮肤瘙痒、打喷嚏等症状，可遵医嘱使用抗过敏药物进行治疗，如氯雷他定糖浆。
三、水痘：主要由水痘-带状疱疹病毒经呼吸道传染引起，感染的新生儿起初会有轻微发热，若未及时治疗，会逐渐在脸上或躯干处长出小水疱，多呈透明状。该病具有自限性，临床上主要采取对症治疗，如使用炉甘石洗剂擦洗止痒，防止新生儿抓挠皮肤。
总之，当发现新生儿脸上长小水疱时，要仔细分析原因，尽快就医明确诊断，并在医生指导下进行恰当的治疗和护理。