每天早上起来肚子都疼可能由多种原因引起。比如，若考虑是胃肠道疾病，像十二指肠溃疡就比较常见，患者往往会在空腹时（早上起来多处于空腹状态）出现上腹部疼痛，疼痛性质多为隐痛、胀痛或灼痛等，一般可持续数分钟到数小时。
一、胃肠道疾病相关
1. 十二指肠溃疡：
十二指肠溃疡的发病与胃酸分泌过多、幽门螺杆菌感染等有关。患者早上起来肚子痛，还可能伴有反酸、烧心等症状。一般来说，幽门螺杆菌感染在人群中的感染率较高，约50%左右的人群感染过幽门螺杆菌。
2. 肠易激综合征：
这是一种常见的功能性肠病，病因尚不明确，可能与胃肠动力异常、内脏高敏感性、肠道感染后、精神心理因素等有关。患者早上起来肚子痛，排便后症状可能会缓解，还可能伴有排便习惯改变，比如腹泻或便秘，或者腹泻与便秘交替出现。
二、肝胆胰疾病相关
1. 胆囊炎：
胆囊位于右上腹，当胆囊发生炎症时，早上起来可能会出现右上腹疼痛，疼痛可放射到右侧肩背部，部分患者还可能伴有恶心、呕吐等症状。胆囊炎的发生与胆囊结石梗阻胆囊管、细菌感染等有关，胆囊结石在人群中的患病率约10%左右。
2. 胰腺炎：
急性胰腺炎多与胆道疾病、饮酒、暴饮暴食等有关，患者可能会出现早上起来肚子痛，疼痛多为剧烈的持续性上腹痛，可向腰背部放射，还可能伴有恶心、呕吐、发热等症状。
三、其他原因相关
1. 腹部受凉：
晚上睡眠时腹部保暖不当，早上起来腹部受凉，胃肠道受到刺激，可能会引起肚子痛，这种疼痛一般为痉挛性疼痛，保暖后可能会有所缓解。
2. 食物因素：
前一天晚上吃了过多辛辣、油腻、刺激性食物，或者食物不洁净，早上起来可能会出现肚子痛，还可能伴有腹泻等症状。比如吃了变质的食物，可能会引起急性胃肠炎，导致肚子痛、腹泻等。