男性感染尖锐湿疣后，生殖器部位会出现一些典型症状。通常在感染后的1-8个月左右发病，平均3个月时容易出现症状。
常见症状表现
生殖器部位丘疹： 初期多为细小淡红色丘疹，随着病情发展会逐渐增大增多，单个或群集分布，质地柔软，表面凹凸不平，呈乳头样、鸡冠状或菜花样突起。异物感与瘙痒： 患者可能会感到局部有异物感，尤其是在行走或排尿时，还可能伴有瘙痒感，不过瘙痒程度因人而异。
症状好发部位
阴茎部位： 多见于冠状沟、龟头、包皮、系带等部位，有的患者也可能出现在尿道口周围。阴囊部位： 少数男性会在阴囊上出现尖锐湿疣的损害，表现为散在或聚集的小丘疹等。肛周部位： 部分男性有肛交行为的话，肛周也是好发部位之一，会出现丘疹、斑块等不同形态的皮损。
症状发展变化
初期到后期的变化： 初期的小丘疹如果不及时治疗，会逐渐增大、增多，相互融合，形成较大的疣体。而且疣体可能会破溃、出血、感染，伴有恶臭等情况。有些疣体还可能自行消退，但大部分会持续存在并不断发展。例如，有的患者初期仅在龟头有几个小丘疹，几个月后可能发展为较大的菜花样肿物布满龟头及包皮。
与其他疾病的鉴别
珍珠状阴茎丘疹： 多见于20-40岁左右的男性，损害主要发生在龟头的边缘与冠状沟交界处和/或系带处，为珍珠状、半透明的丘疹，颜色多为白色、黄色或淡红色，互不融合，患者一般无自觉症状，与尖锐湿疣的形态和发展过程不同。阴茎硬化性淋巴管炎： 表现为阴茎皮下条索状肿块，质地硬，有轻度疼痛，与尖锐湿疣的菜花状、乳头状等外观有明显区别，且病因和临床表现都不一样。