卵巢囊肿和巧克力囊肿的区别如下：
1.定义：
卵巢囊肿是指卵巢内有囊性的肿物形成，可分为肿瘤性和非肿瘤性两类。
巧克力囊肿是“子宫内膜异位症”的一种病变。正常情况下，子宫内膜生长在子宫腔内，受体内女性激素的影响，每月脱落一次，形成月经。如果月经期脱落的子宫内膜碎片，随经血逆流经输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成异位囊肿，这种异位的子宫内膜也受性激素的影响，随同月经周期反复脱落出血，如病变发生在卵巢上，每次月经期局部都有出血，使卵巢增大，形成内含陈旧性积血的囊肿，这种陈旧性血呈褐色，黏稠如糊状，似巧克力，故又称“巧克力囊肿”。
2.病因：
卵巢囊肿的发病原因尚不清楚，可能与遗传、环境、生活方式等因素有关。
巧克力囊肿的发生与经血逆流、子宫内膜异位种植有关。
3.症状：
卵巢囊肿的症状因囊肿的大小、性质、位置等而异，可表现为腹部肿块、腹胀、腹痛、月经异常等。
巧克力囊肿的主要症状是痛经、性交痛、月经失调等。囊肿较大时，可在下腹部触及肿块。
4.治疗：
卵巢囊肿的治疗方法包括手术治疗、药物治疗等，具体治疗方法应根据囊肿的大小、性质、症状等因素而定。
巧克力囊肿的治疗方法主要有手术治疗和药物治疗，手术治疗包括保守性手术和根治性手术，药物治疗主要是使用孕激素等药物抑制子宫内膜生长。
5.预后：
卵巢囊肿的预后与囊肿的性质、大小、治疗方法等因素有关。一般来说，良性囊肿预后较好，恶性囊肿预后较差。
巧克力囊肿的预后与囊肿的大小、位置、治疗方法等因素有关。一般来说，早期诊断、早期治疗预后较好。