小腹胀疼的原因有多种。比如女性生理期时，约60%-90%的女性会有不同程度的小腹胀疼，这是因为生理期前列腺素分泌增加，导致子宫收缩引起的。
妇科相关原因
痛经： 除了生理期的生理性痛经，一些疾病也会导致痛经，如子宫内膜异位症，这是子宫内膜组织出现在子宫体以外的部位，会引起经期小腹胀疼，且可能进行性加重。盆腔炎： 女性盆腔内的器官发生炎症，像子宫、输卵管、卵巢等发炎时，会出现小腹胀疼，还可能伴有白带增多、异味等症状，一般炎症持续存在时疼痛会间断或持续存在。
泌尿系统原因
膀胱炎： 膀胱发生炎症，患者会有小腹胀疼，同时可能出现尿频、尿急、尿痛等症状，排尿时尿道有灼热感，严重时可能有血尿。输尿管结石： 当输尿管内有结石时，会引起小腹胀疼，这种疼痛通常比较剧烈，呈绞痛样，还可能伴有腰痛、血尿等，结石活动时疼痛可能会放射到下腹部。
肠道原因
肠易激综合征： 这是一种常见的功能性肠道疾病，会出现小腹胀疼，疼痛程度不一，排便后可能会有所缓解，还常伴有排便习惯改变，如腹泻或便秘，或者腹泻与便秘交替出现。肠炎： 各种原因引起的肠道炎症，如细菌性肠炎，食用了被细菌污染的食物后，会出现小腹胀疼、腹泻、腹痛等症状，严重时可能有发热等全身症状。