肝脏囊肿的形成原因较为多样，其中先天性因素较为常见，约有90%的肝脏囊肿是先天性的，这是胚胎发育过程中胆管异常导致的。
先天性发育异常：
胆管发育异常：在胚胎时期，胆管的发育出现异常，使得胆管局部扩张形成囊肿。这种情况往往从出生时就存在一定的基础，但可能在成年后才被发现。遗传因素：部分先天性肝脏囊肿具有一定的遗传倾向，如果家族中有相关病史，后代患肝脏囊肿的概率可能会相对增高。
寄生虫感染：
肝包虫囊肿：主要是细粒棘球绦虫的幼虫感染人体后，寄生在肝脏所致。比如在畜牧地区，人们接触到受污染的环境或食物，就容易感染肝包虫，从而形成肝脏囊肿。这种囊肿通常有明确的流行病学史，与生活在流行区密切相关。
创伤因素：
外伤后血肿或坏死组织液化：当肝脏受到外伤时，局部组织可能出现血肿，之后血肿吸收不完全，坏死组织液化，也有可能形成囊肿。一般有明确的腹部外伤史，经过检查可以发现外伤与囊肿形成存在关联。医源性创伤：在一些肝脏相关的医疗操作过程中，比如肝穿刺活检等，如果操作不当，也可能导致局部组织损伤后形成囊肿，但这种情况相对较少见。
炎症因素：
慢性炎症刺激：肝脏的慢性炎症长期刺激，会使肝脏组织发生改变，局部出现囊性病变。例如慢性肝炎患者，如果病情控制不佳，长期的炎症刺激可能引发肝脏囊肿。这种情况往往伴随着肝脏炎症指标的异常，如转氨酶升高等。