两只眼睛不对称可进行矫正，主要通过以下方式：一、物理治疗。若因长期用眼过度致眼肌疲劳，引起眼肌痉挛、两眼不对称，此时可热敷，用热毛巾敷5至10分钟，或沿上眼眶左右反复按摩，以促进血液循环，缓解眼部肌肉紧张、痉挛状态，从而改善双眼不对称问题。二、开眼角手术。若因内眦赘皮而存在大小眼、两眼不对称情况，可进行开内眼角手术，切除增生的皮肤组织，进而达到改善双眼不对称的效果。三、斜视矫正术。若因先天性遗传、颅脑损伤等导致眼外肌运动功能障碍，使双眼不能正视前方、出现双眼不对称，可通过斜视矫正，采用手术移位、缝合眼外肌等方式，调整眼外肌的长度、着力点，以此调整其对眼球的牵拉力，实现改善双眼不对称症状的目的。这些手术均需在正规医院进行。
总结：文章主要阐述了两只眼睛不对称的矫正方法，包括物理治疗、开眼角手术、斜视矫正术，分别对每种方法的适用情况及具体操作进行了详细说明，强调手术应在正规医院进行。