功能性子宫出血的血颜色多样，可能是鲜红色、暗红色或咖啡色等。一般来说，刚流出体外时可能是比较鲜红的颜色，但如果在宫腔或阴道内停留时间较长，就可能变为暗红色甚至咖啡色。
出血颜色与出血速度的关系
出血速度较快时：如果功能性子宫出血速度比较快，血液从阴道流出相对较迅速，这时候血液可能呈现鲜红色。比如短时间内有较多量的出血，血液还未来得及发生过多氧化等变化，就会以较鲜红的颜色排出。出血速度较慢时：当出血速度比较缓慢，血液在宫腔内或者阴道内停留的时间相对较长，血液中的血红蛋白被氧化，颜色就会变暗，可能呈现暗红色。例如出血量较少且流出速度慢，血液经过氧化后排出就会是暗红色。
出血颜色与出血持续时间的关系
短时间少量出血：如果是功能性子宫出血短时间内有少量出血，血液在阴道内留存时间短，可能表现为鲜红色或者偏红的颜色。长时间少量出血：要是功能性子宫出血持续时间较长，少量的血液不断积聚后排出，由于血液已经有一定程度的氧化等情况，颜色往往会偏向咖啡色。比如出血持续几天，量不多的情况下，排出的血可能就是咖啡色。
出血颜色与伴随情况的关系
伴随有其他杂质时：有时候功能性子宫出血可能会伴随一些宫腔内的脱落组织等，这时候血液的颜色可能会看起来不太纯粹。比如混合有一些子宫内膜碎片等组织时，血的颜色可能会有变化，但主要还是基于前面所说的与出血速度、持续时间等因素相关的颜色特征为主。不过如果同时合并有感染等情况，可能血的颜色还会有异常改变，但总体还是要结合基础的出血特点来判断颜色情况。