治疗念珠菌感染主要通过药物等方式。一般来说，针对念珠菌感染常用抗真菌药物来治疗。
抗真菌药物选择
唑类药物： 比如克霉唑，它可以抑制念珠菌细胞膜的合成，从而发挥抗真菌作用。还有酮康唑，也能通过干扰真菌细胞色素P450的活性，影响真菌细胞膜的合成来起到抗念珠菌效果。多烯类药物： 像制霉菌素，它能与真菌细胞膜上的甾醇结合，改变细胞膜的通透性，导致细胞内物质外漏，使真菌死亡。两性霉素B也是多烯类药物，它同样是与真菌细胞膜上的固醇结合，破坏细胞膜的结构和功能来发挥抗念珠菌作用。
局部治疗方式
外用制剂： 如果是皮肤念珠菌感染，可使用克霉唑乳膏，直接涂抹在感染部位，能对局部的念珠菌起到抑制作用。对于阴道念珠菌感染，可以使用硝酸咪康唑栓，将栓剂放入阴道内，直接作用于阴道内的念珠菌，缓解阴道瘙痒、分泌物增多等症状。洗剂： 例如碳酸氢钠洗剂，用其清洗外阴等部位，能改变局部的酸碱度，不利于念珠菌生长。像浓度为2% - 4%的碳酸氢钠溶液，可用于清洗阴道等部位来辅助治疗念珠菌感染。
特殊人群注意事项
孕妇： 孕妇患念珠菌感染时用药需谨慎，一般不建议随意使用口服抗真菌药物，多考虑局部外用药物治疗，如局部使用克霉唑乳膏等，且使用前需咨询医生，根据具体情况选择合适的局部用药方案，因为口服药物可能会对胎儿产生潜在影响。糖尿病患者： 糖尿病患者容易并发念珠菌感染，这类患者在治疗念珠菌感染的同时，要积极控制血糖。因为高血糖环境有利于念珠菌生长繁殖，只有将血糖控制在合理范围，如空腹血糖控制在7mmol/L左右，餐后血糖控制在10mmol/L左右等，才能更好地治疗念珠菌感染，并且减少复发的可能。