有了巧克力囊肿的治疗方式需根据患者年龄、症状、生育需求等综合判断。一般来说，较小且无症状的巧克力囊肿可定期观察，每3~6个月复查超声；而有明显症状或较大的囊肿可能需要手术等干预。
药物治疗情况
对于轻度疼痛等情况，可使用非甾体抗炎药缓解症状，如布洛芬等。但药物治疗主要是对症处理，不能从根本上消除巧克力囊肿。而且药物有一定副作用，比如长期使用非甾体抗炎药可能对胃肠道有刺激等，需在医生指导下使用。
手术治疗方式
腹腔镜手术
这是比较常用的手术方式。通过腹腔镜可以清晰看到盆腔内情况，对巧克力囊肿进行剥除。这种手术创伤相对较小，术后恢复较快。一般来说，术后住院时间大概3~7天左右。不过，对于病情复杂、粘连严重的情况，可能需要开腹手术，但现在多数情况优先选择腹腔镜手术。
开腹手术
当囊肿非常大、粘连极其严重或者腹腔镜手术难以完成时会选择开腹手术。开腹手术创伤相对较大，术后恢复时间可能较长，一般需要10~14天才能基本恢复正常活动，但对于一些复杂病情是必要的治疗手段。
保守治疗与生育的关系
对于有生育需求的患者，在治疗巧克力囊肿时会更谨慎。保守治疗尽量保留患者的生育功能，比如通过手术剥除囊肿，但术后有复发的可能，复发率大概在40%左右。如果术后一段时间仍未受孕，可能需要借助辅助生殖技术来帮助怀孕。而对于没有生育需求且症状严重的患者，可能会考虑更积极的手术方式或者药物等综合治疗来控制病情发展。