结直肠多发息肉的病因较为复杂，其中遗传因素是一个重要方面，比如家族性腺瘤性息肉病就具有明显的遗传倾向，有家族遗传病史的人群患结直肠多发息肉的风险相对较高。
遗传因素相关
家族性腺瘤性息肉病： 这是一种常染色体显性遗传性疾病，患者的基因突变会使肠道容易长出大量息肉，通常在青少年时期就可能出现相关症状。遗传性非息肉病性结直肠癌综合征： 也与遗传基因突变有关，会增加结直肠多发息肉的发生几率。
生活饮食因素
高脂低纤维饮食： 长期摄入高脂肪、低纤维的食物，比如过多食用油炸食品、红肉等，而蔬菜、水果摄入不足，会影响肠道的正常蠕动和代谢，容易引发结直肠多发息肉。有研究表明，饮食中膳食纤维摄入不足的人群，结直肠多发息肉的发病风险比膳食纤维摄入充足的人群要高。吸烟饮酒： 吸烟会增加结直肠息肉的发病风险，烟草中的有害物质会损伤肠道黏膜；过量饮酒也会对肠道造成刺激，影响肠道的微生态环境，进而可能诱发结直肠多发息肉。
肠道慢性炎症刺激
溃疡性结肠炎： 这是一种慢性肠道炎症性疾病，肠道长期处于炎症状态，会反复刺激肠黏膜，导致肠黏膜异常增生，容易引发结直肠多发息肉。炎症持续时间越长，发生结直肠多发息肉的可能性越大。克罗恩病： 同样是肠道的慢性炎症性疾病，也会对结直肠黏膜产生持续的刺激，增加结直肠多发息肉的发生风险。