灰指甲的治疗方法有多种，一般可以通过外用药物、口服药物以及手术等方式来处理。比如外用药物治疗时，常用的有30%冰醋酸溶液等，不过一般需要连续使用3~6个月才能看到较好效果。
外用药物治疗
局部涂抹： 30%冰醋酸溶液是比较常用的外用药物，需要用棉签蘸取后涂抹在病甲上，每天1~2次。不过要注意，涂抹时尽量不要接触到周围正常皮肤，以免造成刺激。复方聚维酮碘搽剂： 它可以释放出有效碘和聚维酮，起到杀菌作用，使用前要先将病甲用温水泡软，再用棉球蘸取搽剂涂抹在病甲上，每天2次。
口服药物治疗
伊曲康唑： 是一种抗真菌口服药，采用冲击疗法，即每次200mg，每天2次，连用1周，停药3周为一个疗程，一般需要2~3个疗程。不过在服用前需要检查肝功能，因为它可能会对肝脏有一定影响。特比萘芬： 也是口服抗真菌药，一般每天服用250mg，连续服用12周~16周，对于指甲癣效果较好。但同样，用药前也需要关注肝功能情况。
手术治疗
拔甲术： 过去常用的方法，就是将病甲拔除。不过现在临床上使用相对少一些，因为术后恢复时间较长，而且新长出来的指甲也有可能再次感染真菌。一般适用于单发的灰指甲，在拔甲后需要配合外用抗真菌药物来预防复发。激光治疗： 利用特定波长的激光来破坏真菌细胞，达到治疗灰指甲的目的。一般需要多次治疗，每次治疗时间较短，痛苦相对较小，但费用可能会高一些。