两侧扁桃体窝内长肉球可能是多种情况导致的，比如扁桃体息肉、扁桃体囊肿、扁桃体乳头状瘤等。一般来说，具体的处理方式要根据病因来定。
可能的病因及特点
扁桃体息肉：
来源与形成： 多是由于慢性炎症长期刺激扁桃体，使局部组织增生形成息肉样肿物。一般颜色较淡，呈半透明状。症状表现： 可能没有明显症状，也可能会有咽部异物感，如果息肉较大，可能会影响吞咽或呼吸。
扁桃体囊肿：
产生原因： 通常是扁桃体腺管阻塞，分泌物潴留形成囊肿。囊肿大小不一，小的可能肉眼不易察觉，大的可突出于扁桃体表面。症状情况： 较小的囊肿可能无不适，较大的囊肿会引起咽部胀满感、异物感，若继发感染还可能有疼痛、红肿等表现。
扁桃体乳头状瘤：
病因机制： 与人乳头瘤病毒（HPV）感染有一定关系。肿瘤多呈乳头状突起，颜色可呈淡红色或灰白色。症状体现： 早期可能无明显症状，随着肿瘤增大，可出现咽部不适、异物感，有的患者可能会有咳嗽、声音嘶哑等表现（如果肿瘤长在扁桃体靠近咽部通道处）。
就医检查建议
一旦发现两侧扁桃体窝内长肉球，应及时就医。医生一般会先进行体格检查，观察肉球的大小、颜色、形态等。还可能会建议做咽部影像学检查，比如咽部超声、CT等，帮助更清晰地了解肉球的情况，必要时可能会取组织进行病理检查，以明确肉球的性质是良性还是恶性等。
处理方式选择
如果是良性的扁桃体息肉、较小的囊肿且无症状，可能暂时观察，定期复查；如果息肉或囊肿较大，影响吞咽、呼吸等功能，或者考虑有恶变倾向等情况，多需要手术切除。而对于扁桃体乳头状瘤，一般也是以手术切除为主，术后根据病理结果等情况决定是否需要进一步治疗。在整个过程中，患者要遵循医生的建议，积极配合检查和治疗，同时要注意保持口腔清洁，避免食用辛辣、刺激性食物，以免加重咽部不适。