耳廓假性囊肿的病因目前尚未完全明确，一般认为可能与以下因素有关。首先，机械性刺激可能是一个原因，比如局部受到压迫、碰撞等，有研究发现部分患者发病前有局部受到过压迫的情况，像长时间侧卧位压迫耳廓等。
创伤因素相关
睡眠姿势不当： 长期保持不当的睡眠姿势，比如总是长时间单侧压迫耳廓，就可能导致耳廓局部循环障碍，进而引发假性囊肿。据临床观察，有相当一部分耳廓假性囊肿患者有长期单侧睡眠压迫耳廓的经历。耳部受到轻微外伤： 耳部受到如挤压、摩擦等轻微外伤后，也可能引发耳廓假性囊肿。虽然外伤很轻微，但可能影响了耳廓局部的微循环，使得组织间出现渗出，从而形成囊肿。
炎症反应相关
局部非特异性炎症： 耳廓局部存在非特异性炎症时，可能会导致淋巴管通透性增加。例如，耳部皮肤发生轻度感染等情况，虽然感染不严重，但会引起局部炎症反应，使得淋巴液回流受阻，淋巴液积聚在耳廓软骨与软骨膜之间，逐渐形成假性囊肿。免疫因素参与： 可能存在一定的免疫因素参与。当局部出现一些轻微刺激后，机体的免疫反应被激活，导致耳廓软骨膜下出现渗出，进而形成囊肿。不过具体的免疫机制还在进一步研究中，但可以确定免疫因素在其中起到了一定作用。
其他可能因素
内分泌因素： 有学者推测内分泌因素可能与耳廓假性囊肿的发生有关。例如，体内激素水平的变化可能影响耳廓局部的组织代谢等。不过目前这方面的研究还相对较少，需要更多的临床证据来明确内分泌因素与耳廓假性囊肿的确切关联。遗传易感性： 虽然目前没有确凿证据表明耳廓假性囊肿有明显的遗传倾向，但不排除部分人群由于遗传易感性，更容易发生耳廓假性囊肿。也就是说，这类人群可能在相同的外界刺激下，更易出现耳廓局部的循环和代谢异常，从而引发假性囊肿。