紧急避孕药和短效避孕药在用途、服用时间、副作用等方面有区别。紧急避孕药一般是在无防护性生活或避孕失败后72小时内服用，起到紧急避孕的作用，有效率约80%-85%；而短效避孕药需要规律服用，一般从月经来潮第1天开始服用，连服21天，然后停药7天，接着开始下一个周期，主要作用是避孕，同时对月经周期等有调节作用。
用途方面：
紧急避孕药：主要是作为常规避孕失败或无防护性生活后的补救措施，不能作为常规避孕方法。短效避孕药：主要用于常规避孕，通过抑制排卵、改变宫颈黏液性状等多环节来达到避孕目的，而且还有调节月经周期、减少经量、缓解痛经等作用。
服用时间方面：
紧急避孕药：需在无防护性生活或避孕失败后72小时内尽早服用，且仅对一次无防护性生活有效，服药时间越早，避孕效果越好。短效避孕药：有严格的服用周期，一般从月经来潮第1天开始服用，每天固定时间服用1片，连续服用21天为一个周期，然后停药7天，接着开始下一个周期的服用。如果漏服，可能会影响避孕效果，还可能导致阴道不规则出血等情况。
副作用方面：
紧急避孕药：副作用相对较大，可能会引起恶心、呕吐、不规则阴道流血及月经紊乱等，一般月经提前或延迟一周左右属于常见情况，如果月经延迟超过一周，需排除妊娠可能。而且紧急避孕药激素剂量大，对身体的影响相对短效避孕药更明显，不能频繁使用，一年最好不超过3次。短效避孕药：副作用相对较小，部分人刚开始服用时可能会出现轻度的恶心、呕吐、头晕、乏力等类早孕反应，一般坚持服用1-3个周期后会逐渐减轻或消失。长期规律服用短效避孕药还可能对身体有一些益处，比如降低卵巢癌、子宫内膜癌等疾病的发生风险等，但也有少数人可能会出现体重增加、色素沉着等情况，但相对较少见。