掏耳朵时咳嗽可能存在两种原因，一是掏耳朵刺激迷走神经导致，二是外耳道有炎症引起。具体情况如下：
一、刺激迷走神经：
1.咽喉部和内耳道之间有咽鼓管相通。掏耳朵这一行为发生在外耳道，当外耳道震动时，会通过咽鼓管对咽喉部产生影响，进而刺激咽喉部，致使患者出现咳嗽现象。
2.上呼吸道和咽喉部可借助咽鼓管与内耳相连，如果掏耳朵时深入程度较深，会经由外耳道触及内耳的咽鼓管，从而对咽喉部形成刺激，同样会引发咳嗽动作。在此提醒，不要随意自行掏耳朵，若耳朵内部瘙痒，必要时应前往医院就诊。
二、外耳道炎症：
通常情况下，若外耳道存在炎症且充血肿胀，那么耳道会变得更加敏感，在掏耳朵时就容易出现咳嗽等条件反射。外耳道通过内耳道与咽喉部相连，在掏耳朵时出现咳嗽，一定要注意咳嗽时的震动可能引发手动，稍有不慎就可能损伤鼓膜，进而导致外耳道损伤，甚至可能对内耳道造成损伤。建议当外耳道有炎症时，可以遵医嘱使用盐酸左氧氟沙星滴耳液、氧氟沙星滴耳液、硼酸冰片滴耳液等进行治疗。
总结概况提示：掏耳朵咳嗽可能由刺激迷走神经或外耳道炎症引起，应根据具体情况进行相应处理，不要随意自行掏耳朵，有炎症时要合理用药治疗。