凌晨两三点心脏加速跳动醒来可能由以下原因导致：情绪激动、冠心病、高血压。
一、情绪激动：如果患者情绪波动较大，例如过于愤怒、焦虑、紧张等，在睡眠时无法保持平和的心态，就容易引起交感神经异常兴奋。这种情况下，心脏会加速跳动从而导致醒来。此时，患者需要尽量让自己保持积极乐观的心态，避免产生过大的心理压力和负担，可通过一些放松的方式如深呼吸、冥想等帮助缓解情绪。
二、冠心病：患者患有冠心病时，若晚上睡觉时姿势不当，可能会使心脏部位的负担持续加重，从而出现心脏加速跳动醒来的状况，同时还可能伴随胸闷、心慌等症状。针对这种情况，需要遵医嘱服用药物进行缓解，比如阿司匹林片、硫酸氢氯吡格雷片等。
三、高血压：当凌晨两三点睡觉时血压持续升高，也可能致使心脏加速跳动醒来。对此，应在医生的指导下服用相关药物来改善症状，如氢氯噻嗪片、酒石酸美托洛尔片等。
在日常生活中，患者要注意保持良好的心态，避免情绪大起大落，同时要养成健康的生活习惯，按时作息，定期体检，以便及时发现和处理身体可能出现的问题。
总之，凌晨两三点心脏加速跳动醒来的原因较多，需要根据具体情况进行分析和处理，以保障身体健康。