脸上起扁平疣可通过如下方式治疗：一、药物治疗：若扁平疣不太严重，往往可外用诸如水杨酸软膏、维A酸软膏或咪喹莫特乳膏进行涂抹，能起到去除扁平疣的作用，有助于症状的恢复。具体来说，水杨酸软膏可以软化角质，促进扁平疣的脱落；维A酸软膏能调节表皮细胞的增殖和分化，对扁平疣有一定疗效；咪喹莫特乳膏可以诱导机体产生抗病毒免疫反应来去除扁平疣。二、激光治疗：一般当扁平疣数目较少时，可采用激光手术治疗，通过高温使皮损组织碳化，从而达到去除的效果。激光治疗具有针对性强、精准度高的优点。三、液氮冷冻治疗：通过低温让组织坏死脱落，能够实现去除扁平疣的目的，其操作较为简单，也相对安全。液氮冷冻治疗对周围正常组织损伤较小。
总之，对于脸上的扁平疣，可以根据具体情况选择合适的治疗方法。