卵巢囊肿有多种类型，常见的比如生理性囊肿，像卵泡囊肿，多发生在排卵后，一般直径通常小于5厘米，多数情况下会在2-3个月经周期内自行消失。
一、生理性囊肿
卵泡囊肿： 是最常见的生理性囊肿，多因卵泡未破裂持续生长形成，一般无明显症状，多数可自行消退。黄体囊肿： 与黄体形成有关，正常黄体是囊性结构，可使卵巢略增大。若囊性黄体持续存在或增长，或黄体血肿含血量较多，血液被吸收后，就形成黄体囊肿，一般也可在几个月经周期内消失。
二、病理性囊肿
（一）上皮性囊肿
浆液性囊腺瘤： 常见的一种卵巢上皮性肿瘤，多为单侧，大小不一，表面光滑，囊内为清亮浆液。黏液性囊腺瘤： 一般体积较大或巨大，多为单侧，表面光滑，囊内为黏稠黏液。
（二）生殖细胞囊肿
成熟畸胎瘤： 又称为皮样囊肿，是最常见的生殖细胞肿瘤，可含有外、中、内胚层组织，囊内可见毛发、油脂、牙齿等成分，多为单侧，呈圆形或椭圆形。未成熟畸胎瘤： 属于恶性生殖细胞肿瘤，较少见，多见于年轻患者，肿瘤多为单侧，体积较大，成分以未成熟的胚胎组织为主。
三、子宫内膜异位囊肿（巧克力囊肿）
这是子宫内膜异位症的一种病变，异位的子宫内膜在卵巢内生长，反复周期性出血，形成单个或多个囊肿，囊肿内含暗褐色黏糊状陈旧血，像巧克力样，故称为巧克力囊肿。多与痛经、不孕等相关，囊肿大小不一，一般直径多在5-6厘米左右，但也可更大。