卵巢囊肿的治疗需根据囊肿性质、大小等因素综合判断，一般直径小于5厘米的生理性囊肿有自行消失的可能，可定期复查，每3~6个月做一次B超观察囊肿变化。
如何判断囊肿性质
超声检查： 通过超声可以初步判断囊肿是单纯性囊肿还是混合性囊肿等。如果囊肿内透声好，壁薄，多为生理性囊肿；若囊肿内有分隔、实性成分等，就要进一步排查是否为病理性囊肿。肿瘤标志物检测： 像CA125、CA199等肿瘤标志物的检测也有帮助。如果肿瘤标志物明显升高，病理性囊肿的可能性相对较大。
保守治疗的情况
随访观察： 对于直径小于5厘米，超声提示为单纯性囊肿，且患者没有明显症状的情况，可以选择随访观察。一般建议间隔3~6个月复查超声，观察囊肿大小变化。比如有些年轻女性的黄体囊肿，很多会在月经后自行消失。药物治疗： 如果是子宫内膜异位囊肿，可在医生指导下使用避孕药等药物。避孕药可以调节激素水平，抑制异位内膜的生长，对较小的子宫内膜异位囊肿可能有一定的控制作用，但药物治疗需要在医生规范指导下进行。
手术治疗的情况
手术指征： 当囊肿直径大于5厘米，持续存在超过3个月，或者怀疑囊肿为恶性时，通常需要手术治疗。另外，囊肿引起腹痛、扭转等急腹症表现时也需急诊手术。手术方式： 手术方式有腹腔镜手术和开腹手术等。腹腔镜手术创伤小，恢复快，是比较常用的方式。对于年轻患者尽量保留卵巢功能，会采取囊肿剥除术；对于年龄较大、无生育要求的患者，可能会考虑患侧附件切除术等。