三个月宝宝大便酸臭可能由以下因素导致：
一、消化不良：三个月宝宝消化功能尚未发育完全，若父母喂养不当，就容易引发消化不良。此时会出现大便酸臭的情况，同时还可能伴有嗳气、腹痛、哭闹、食欲减退等不适症状。
1.比如宝宝可能会经常嗳出气体；
2.腹部会有疼痛感，导致宝宝哭闹不止；
3.对食物的兴趣降低，进食量减少。
二、积食：日常生活中，如果三个月宝宝进食过多食物，致使体内蛋白质长时间堆积在肠胃，经发酵后会有大便酸臭的现象。
1.宝宝会因为食物堆积而出现不适；
2.这种情况多与过度喂养有关。
三、便秘：当饮食不当或消化功能异常，导致食物过量堆积时，会使三个月宝宝大便酸臭，并伴有腹胀、呕吐等症状。
1.腹胀会让宝宝感觉不舒服；
2.呕吐则是肠胃不适的一种表现。
四、乳糖不耐受：一般是由于三个月宝宝乳糖酶分泌过少，不能完全消化母乳而引起。通常会有大便酸臭的情况，同时还伴有腹泻、肠鸣等不适症状。
1.腹泻次数可能会较多；
2.肠鸣即能听到肠道发出的声音。
建议及时就医进行相应检查，并严格按照医生指导进行治疗。同时，要改善喂养方式，做好日常防护工作。总之，当发现三个月宝宝大便酸臭时，要重视并查找原因，以便采取合适的应对措施。