手背上有扁平疣可通过以下方式治疗：
一、药物治疗：
1.局部涂抹药物：手背上扁平疣多由人乳头瘤病毒感染引起，可遵医嘱使用药物治疗，如维A酸软膏、他扎罗汀软膏等。维A酸软膏可调节表皮细胞的有丝分裂和表皮细胞的更新，促使已有的扁平疣消退；他扎罗汀软膏能抑制角质形成细胞的异常增生和分化，对扁平疣有一定疗效。
二、激光治疗：
若扁平疣较为严重，可选择激光治疗。这是利用激光的烧灼作用使疣体坏死并脱落，从而有效治疗扁平疣。激光治疗具有精准、快速等优点。
三、冷冻治疗：
冷冻治疗是通过液态氮使疣体坏死和脱落，进而去除手背上的扁平疣。这种方法相对简便，且创伤较小。
平时要注意保持局部卫生清洁，饮食上尽量避免食用生葱、辣椒等刺激性食物。
总结：手背上有扁平疣可采用药物、激光、冷冻等方法治疗，同时要注意局部卫生和饮食。具体治疗方法应根据扁平疣的严重程度等因素，在医生指导下选择合适的方案。