治疗脑梗的药物主要有溶栓药物、抗血小板聚集药物、神经保护类药物等。一般来说，发病4.5小时内符合条件的患者使用阿替普酶等溶栓药物可能有较好效果，但需严格评估适应症。
溶栓药物：
阿替普酶： 是常用的溶栓药，能激活纤溶酶原变为纤溶酶，溶解血栓，不过要在发病4.5小时内使用，且需排除脑出血等禁忌证。尿激酶： 也可用于溶栓，能直接使纤溶酶原转变为纤溶酶，起到溶解血栓的作用，适用时间窗相对较宽，但同样有严格的使用禁忌。
抗血小板聚集药物：
阿司匹林： 通过抑制血小板的环氧化酶，减少血栓素A2的生成，从而抑制血小板聚集，一般脑梗患者若无禁忌通常需要长期服用。氯吡格雷： 作用机制是抑制血小板表面的ADP受体，进而抑制血小板聚集，对于不能耐受阿司匹林的患者可选用，常与阿司匹林联合使用（在特定的急性期双联抗血小板治疗中）。
神经保护类药物：
依达拉奉： 具有清除自由基的作用，能减轻脑血管痉挛和脑水肿，保护神经细胞，可用于改善脑梗患者的神经功能缺损症状。胞磷胆碱钠： 可以改善脑代谢，促进大脑功能恢复，对脑梗后的神经功能修复有一定帮助。
控制脑水肿药物：
甘露醇： 是常用的脱水降颅压药物，通过提高血浆渗透压，使脑组织中的水分进入血管内，从而减轻脑水肿，降低颅内压，一般根据患者颅内压情况使用。呋塞米： 也可用于利尿脱水，辅助减轻脑水肿，常与甘露醇联合使用来控制脑梗患者的颅内压。