百日咳主要靠抗生素治疗来控制感染，一般使用红霉素等大环内酯类抗生素，通常需要用药7~10天左右。
抗生素治疗的选择
大环内酯类抗生素： 红霉素是常用的治疗百日咳的药物，它能抑制百日咳杆菌的蛋白质合成，从而发挥抗菌作用。一般来说，确诊百日咳后应尽早使用红霉素等大环内酯类药物进行治疗。其他相关抗生素： 阿奇霉素也可用于百日咳的治疗，其抗菌谱与红霉素类似，但用药疗程可能相对较短。
对症支持治疗
保持呼吸道通畅： 对于有咳嗽、咳痰的患儿，要注意保持室内空气流通，湿度适宜。可以通过拍背等方式帮助患儿排出痰液，必要时可能会使用雾化吸入的方法来稀释痰液，利于排出。比如保持室内湿度在50%~60%左右比较合适，有助于缓解呼吸道的不适。营养支持： 由于百日咳患儿长时间剧烈咳嗽，会消耗较多体力，所以要保证患儿有充足的营养摄入。对于婴儿，要保证母乳喂养或合理喂养配方奶；对于较大的儿童，要提供富含蛋白质、维生素等营养的食物，如鸡蛋、新鲜蔬菜和水果等，以维持患儿的身体机能。
隔离与护理
隔离措施： 百日咳具有传染性，确诊后要让患儿进行隔离，一般隔离时间从发病起算至少3周，或痉咳出现后4周。这样可以避免将病菌传播给他人，尤其是其他儿童和免疫力较低的人群。避免刺激因素： 要避免让患儿接触烟雾、异味等刺激性物质，这些刺激可能会诱发患儿剧烈咳嗽。比如家中不要有人在患儿面前吸烟，避免让患儿处于有浓烈气味的环境中。