关键点：月经结束时出现咖啡色分泌物的常见原因包括黄体功能萎缩不全以及炎症、器质性病变。
一、黄体功能萎缩不全：
女性卵巢通常有周期性排卵功能，并且会周期性分泌雌孕激素，这样能让子宫内膜依次经历增殖期、分泌期和剥脱的变化过程。然而，有些患者的黄体功能出现萎缩不全或黄体功能下降的情况，这就会使得在整个月经期，甚至月经快要结束时，由于孕激素水平的影响，患者会出现月经结束后仍有淋漓不尽的咖啡色分泌物的现象。
二、炎症、器质性病变：
这方面涵盖了子宫内膜、宫颈息肉，或者子宫内膜、宫颈的癌前病变或癌变等情况，还有部分患者与子宫黏膜下肌瘤、腺肌症、腺肌瘤等存在关联。
总结概况提示：月经结束后出现咖啡色分泌物可能是黄体功能萎缩不全或炎症、器质性病变等原因导致，需要根据具体情况进行进一步检查和诊断，以便明确原因并采取相应的治疗措施。