卵巢畸胎瘤的发病原因目前还不完全明确，一般认为可能与生殖细胞异常分化等因素有关。据研究，卵巢畸胎瘤好发于生育年龄女性，大约15%-20%的卵巢肿瘤是畸胎瘤。
生殖细胞异常分化因素
原始生殖细胞异常： 在胚胎发育早期，原始生殖细胞的分化出现异常，就有可能形成卵巢畸胎瘤。原始生殖细胞具有多向分化的潜能，正常情况下会发育成正常的生殖细胞，但如果分化过程出现偏差，就可能形成含有多种组织成分的畸胎瘤。遗传因素影响： 有一定的遗传易感性，部分患者可能存在相关基因的突变等情况，使得发生卵巢畸胎瘤的风险相对增加。比如某些染色体异常相关的遗传综合征患者，发生卵巢畸胎瘤的几率比正常人群要高一些。
胚胎期发育异常方面
生殖细胞异位： 在胚胎发育过程中，生殖细胞可能会异位迁移。如果异位的生殖细胞停留在卵巢部位，并且发生异常分化，就有可能逐渐形成卵巢畸胎瘤。这种异位的生殖细胞带着多向分化的能力，在卵巢内异常增殖分化，最终形成包含多种组织，像毛发、牙齿、油脂等不同成分的畸胎瘤。环境因素干扰： 虽然具体机制尚不十分清晰，但一些环境因素可能会对胚胎期的生殖细胞发育产生影响。比如母亲在孕期接触某些化学物质、受到辐射等，可能会干扰胚胎生殖细胞的正常分化过程，从而增加胎儿日后患卵巢畸胎瘤的可能性。不过这种环境因素导致卵巢畸胎瘤的具体作用机制还需要进一步深入研究来明确。
内分泌因素影响
激素水平失衡： 体内激素水平的变化可能与卵巢畸胎瘤的发生有关。女性体内的雌激素、孕激素等激素对卵巢的正常生理功能起着重要调节作用。当激素水平失衡时，可能会影响卵巢生殖细胞的正常分化和发育。例如，长期的雌激素水平异常升高，可能会刺激生殖细胞异常分化，进而增加卵巢畸胎瘤的发生风险。内分泌疾病关联： 一些内分泌疾病也可能与卵巢畸胎瘤的发生有一定关联。比如多囊卵巢综合征患者，其内分泌环境存在异常，这类患者发生卵巢畸胎瘤的几率相对正常女性可能会有所升高。但目前对于内分泌疾病与卵巢畸胎瘤之间的具体因果关系还需要更多的临床研究来证实。