急性咽炎多由病毒或细菌感染引起，常用的药物有抗生素类和抗病毒类等。一般来说，细菌感染导致的急性咽炎可以用青霉素类抗生素，如阿莫西林等；病毒感染引起的急性咽炎可使用抗病毒药物，如利巴韦林等。但具体用药需根据病情来定。
抗生素类药物
细菌感染引发的急性咽炎：如果是细菌感染造成的急性咽炎，常用青霉素类抗生素，像阿莫西林，它能抑制细菌细胞壁的合成，从而发挥杀菌作用。不过，对青霉素过敏的人不能用阿莫西林，得换用头孢类抗生素，比如头孢拉定，它通过阻碍细菌细胞壁的合成来达到杀菌效果，但同样要注意是否有头孢过敏史。
抗病毒类药物
病毒感染引发的急性咽炎：要是病毒感染引起的急性咽炎，可使用利巴韦林，它能抑制病毒核酸的合成，进而阻止病毒复制。不过，孕妇和严重贫血者要慎用利巴韦林，孕妇使用可能会对胎儿造成不良影响，严重贫血者使用可能会加重病情。还有阿昔洛韦也可用于病毒感染导致的急性咽炎，它能干扰病毒DNA多聚酶，抑制病毒复制，但肾功能不全者使用时要调整剂量。
局部用药缓解症状
含漱液：可以用复方硼砂含漱液，它能清洁口腔、杀菌消炎，缓解咽部不适。使用时要注意按照说明书的浓度来调配，含漱时间一般每次1 - 2分钟。还有呋喃西林含漱液，也有杀菌、清洁口腔的作用，同样要注意正确的使用浓度和方法。含片：像碘喉片，它能缓慢释放出碘，有杀菌、收敛和消炎的作用，含服时一次1片，一日3 - 5次。西瓜霜含片也不错，能清热解毒、消肿止痛，缓解咽部肿痛，含服时一次1 - 2片，一日数次。
对症治疗药物
发热头痛时：如果急性咽炎患者伴有发热、头痛等症状，可使用对乙酰氨基酚来解热镇痛。但严重肝肾功能不全者禁用对乙酰氨基酚，而且不能同时服用其他含有解热镇痛成分的药物，避免过量引起不良反应。布洛芬也能用于退热止痛，它通过抑制前列腺素的合成来发挥作用，不过有消化道溃疡病史的人要慎用布洛芬，防止诱发溃疡发作。