16岁女孩两三个月才来一次月经可能是正常的，但也可能是异常情况，需要具体分析。以下是一些可能的原因：
正常情况：
青春期激素变化：女孩在青春期时，下丘脑-垂体-卵巢轴的功能尚未完全成熟，可能会导致月经周期不规律。这种情况通常会随着年龄的增长而逐渐改善。
身体发育尚未完全：16岁女孩的身体发育尚未完全，生殖系统也在逐渐成熟中。月经周期可能会受到多种因素的影响，如体重、身高、营养状况等。
异常情况：
多囊卵巢综合征：这是一种常见的内分泌疾病，常表现为月经不规律、排卵障碍、高雄激素血症等。除了月经问题，还可能伴有多毛、痤疮、肥胖等症状。
高泌乳素血症：泌乳素水平升高可能会抑制排卵，导致月经稀发或闭经。常见原因包括垂体腺瘤、药物影响等。
其他因素：甲状腺功能异常、肾上腺皮质功能亢进等内分泌疾病，以及子宫内膜损伤、宫腔粘连等妇科疾病也可能导致月经不规律。
如果女孩的月经周期一直不规律，或者伴有其他症状，如痛经、经量过多或过少、贫血等，应及时就医。医生会进行详细的询问和检查，包括妇科检查、B超、激素水平测定等，以确定具体原因并给予相应的治疗。
对于16岁的女孩，家长和女孩本人都应该重视月经问题。以下是一些建议：
保持良好的生活习惯：均衡饮食、适量运动、规律作息、减少压力等有助于维持正常的月经周期。
注意个人卫生：保持外阴清洁，避免感染。
学习生理知识：了解月经的正常生理过程和常见问题，以及如何进行自我保健。
及时就医：如果月经问题持续存在或出现异常症状，应及时就医，以便早期诊断和治疗。
需要注意的是，每个人的身体状况和发育情况都不同，因此对于16岁女孩的月经情况，最好由专业医生进行评估和指导。如果对月经问题有任何疑虑或担忧，建议咨询医生或妇科专家。