多发性肝囊肿的病因目前并不明确，主要可能与以下两方面有关。
一、遗传因素。如果家族中父母一方或双方存在多发性肝囊肿的情况，这可能是由于基因突变或染色体遗传，致使胆小管发育异常。在此情况下，子女患上多发性肝囊肿的概率会相对较高，表现出一定的遗传倾向。所以建议父母做好产前检查，这对于保障胎儿的健康是很有必要的。
二、寄生虫感染。寄生虫感染较多发生在农牧区养殖业人群中，感染后会引发肝包虫病，进而导致肝脏部位出现囊性病变，从而引起多发性肝囊肿。当囊肿较大而压迫到腹腔内器官时，可能会出现上腹疼痛、恶心、呕吐等现象。对于多发性肝囊肿患者，如果囊肿较小，肝功能正常，且没有出现上腹疼痛等不适症状，多数情况下属于良性病变，可暂时进行随访观察。而如果患者的囊肿体积较大，则可采取手术治疗，比如肝部分切除术、囊型肝包虫病外囊完整剥除术等。
总结：多发性肝囊肿病因主要与遗传因素、寄生虫感染相关，其临床表现和治疗方法会因囊肿大小等情况而有所不同。